目次(まとめ)
◾️ Cytoscapeをインストールする手順
◾️ Cytoscapeを使ってネットワークを描く手順
◾️ ネットワークについての詳細情報を追加することができる
こんにちは、みっちゃんです。
今回の記事では、ネットワークを可視化するためのツールである「Cytoscape」について、そのインストールから実行例まで解説します。
Cytoscapeをインストールする手順
ネットワーク描画ソフトウェア「Cytoscape」は、こちらのWebサイトからインストールすることができます。
以下は、CytoscapeのWebサイトのホームページです。
![](https://mi-chan-nel.com/wp-content/uploads/2020/06/8c89e00db8c8a5fc2517630767b2cef5-1024x552.png)
ダウンロードボタンをクリックすると、使っているパソコンのOSに合わせて、ダウンロードボタンが表示されるので、それをクリックして、".dmg" ファイルをダウンロードします。
※以下では、Mac OSへのインストール手順を解説していきます。
![](https://mi-chan-nel.com/wp-content/uploads/2020/06/cc7d72916b5af33265f5f4e3b57ce54e-1024x415.png)
ダウンロードした ".dmg" ファイルをクリックすると、以下のように表示されるので、「Cytoscape Installer」をクリックして、インストールします。
その際、ダウンロードしたファイルを開いていいか、という旨の警告がでますが、気にせず「開く」をクリックします。
![](https://mi-chan-nel.com/wp-content/uploads/2020/06/90ac65852dd0926eefa549a75d74efd0-1024x689.png)
セットアップWizardが表示されますので、表示された手順にしたがってセットアップを行います。
ライセンスの確認のところだけ、"accept" を選択するようにしないといけませんが、それ以外は、"next" ボタンをクリックしていけば大丈夫です。
インストールが完了すると、Cytoscapeのアイコンが生成されていますので、確認してください。
Cytoscapeを使ってネットワークを描く手順
Cytoscapeを開くと、以下のような画面が表示されます。
![](https://mi-chan-nel.com/wp-content/uploads/2020/06/9ac4358925289966e85b1d7e3cb45b90-1024x668.png)
右側にさまざまなサンプルデータが用意されているので、それらを選択すると、Cytoscapeでできることをイメージできると思います。
ここでは、例として、以下のようなテキストファイル(network.txt)からネットワークを描く手順を紹介します。
※名前は何でも大丈夫です。
※区切り文字は、"タブ" にしています。
![](https://mi-chan-nel.com/wp-content/uploads/2020/06/7cf0a04a5d073df6c6ed6ecebb390e71.png)
Cytoscapeでこのファイルを読み込むためには、以下のように、Cytoscapeの上にあるアイコンをクリックします。
![](https://mi-chan-nel.com/wp-content/uploads/2020/06/d7161006e654f9d5697ec5aee4422822.png)
クリックすると、ファイルを選択するための画面が表示されるので、"network.txt" を選択します。
デフォルトでは、以下のような画面が表示されます。
しかし、"network.txt" の先頭行がヘッダー行として認識されており、列の名前になってしまっています。
そこで、"Advanced Options..." をクリックして、調整を行います。
![](https://mi-chan-nel.com/wp-content/uploads/2020/06/e41b4a768e91e2b75b7651dd4289386d-1024x534.png)
調整画面は、以下のようになっています。
![](https://mi-chan-nel.com/wp-content/uploads/2020/06/ee90dbb6410e5a805488e8967a9e8142.png)
"Delimiter" の箇所では、ファイルの区切り位置を調整することができます。
今回準備した "network.txt" はタブ区切りで準備していたので、"Delimiter" は "TAB" になっています。
今回のように、ヘッダー行を含まないファイルを読み込む場合には、"Use first line as column names" のチェックを外せばOKです。
この調整を行うことにより、以下のように、ファイルの先頭行がヘッダー行として認識されなくなっていることがわかります。
![](https://mi-chan-nel.com/wp-content/uploads/2020/06/b33f3336aed8b64174674fc7e3659002-1024x533.png)
次に、"Column 1" や "Column 2" の横にある小さな矢印をクリックして、その列が何を表しているのかを指定します。
![](https://mi-chan-nel.com/wp-content/uploads/2020/06/5de73bdb84857a47eef9976d270feb08-1024x534.png)
ここでは、"Column 1" を "Source Node" とするために、緑の○を選択しています。
"Node" とは、ネットワークにおいて「線で結ばれるもの」を意味しています。ちなみに、その線のことを "Edge" と言います。
また "Source" とは、"Node" を線で結ぶときに、「始点」となることを意味しています。
![](https://mi-chan-nel.com/wp-content/uploads/2020/06/3548b38e1a2e83e75ec8407cc3809edc-1024x532.png)
ここでは、"Column 2" を "Target Node" とするために、オレンジの◉を選択しています。
"Target" とは "Source" に対応するもので、"Node" を線で結ぶときに、「終点」となることを意味しています。
これらの選択が終われば、「OK」ボタンをクリックして、以下のようなネットワークを描くことができます。
![](https://mi-chan-nel.com/wp-content/uploads/2020/06/269b8112389b66acc8689a368dd677f4-1024x669.png)
"Node" や "Edge" の色や形などのスタイルについては、画面左にある「Style」タブをクリックして行うことができます。
![](https://mi-chan-nel.com/wp-content/uploads/2020/06/45443c07d9bcefa649785d6b87b0ad61-1024x671.png)
「Style」画面の下には、"Node"、"Edge"、"Network" のタブがあり、それぞれの要素を調整することができます。
"Node" の画面を例にすると、"Boder Paint(枠線の色)" や "Fill Color(塗りつぶしの色)" など、さまざまな設定ができます。もし、ここに表示されていないスタイルについて変更したい場合には、"Properties" の右にある小さい矢印をクリックして、選択することができます。
また、上の方に "Def."、"Map."、"Byp." などが表示されていますが、デフォルトの状態では、"Def." に表示されている色にしたがって、ネットワークが色付けされています。
例えば、"1" という "Node" のみを赤色にしたいような場合には、ネットワークで "1" の "Node" をクリックした状態で、"Byp." の "Fill Color" をクリックして、赤色を選択すればOKです。
ネットワークについての詳細情報を追加することができる
上で紹介したネットワークは、それぞれの "Node" の仮の名前として、1~7という数字を割り振っていました。
ここでは、それらの数字に対して、情報を追加するために、以下のようなファイル(node_name.txt)を準備します。
![](https://mi-chan-nel.com/wp-content/uploads/2020/06/6ae476b094db5fbba2b9546affec56f0.png)
このファイルを使って、ネットワーク上の "1" という "Node" の名前を "Sapporo" に変えたりすることができます。
Cytoscapeでこのファイルを読み込むためには、以下のように、Cytoscapeの上にあるアイコンをクリックします。
![](https://mi-chan-nel.com/wp-content/uploads/2020/06/be32a75d8a19cfaf75991136d655f68e.png)
クリックすると、ファイルを選択するための画面が表示されるので、"node_name.txt" を選択します。
以下のように、"Import Columns From Table" という画面が表示されるので、"To a Network Collection" を選択し、"Node Table Columns" を選択します。
また、ネットワークを描くときと同じように、"Advanced Options..." をクリックして、ヘッダー行を無視するようにするなど、調整を行います。
![](https://mi-chan-nel.com/wp-content/uploads/2020/06/79299c9b18bc738b4b7596d4afb9349c-1024x897.png)
「OK」ボタンをクリックすると、"Node Table" のタブに、ファイルの内容が読み込まれていることがわかります。
![](https://mi-chan-nel.com/wp-content/uploads/2020/06/cbd41c5f488f29b4c258ecada70c292b-1024x668.png)
読み込んだ情報をネットワーク上で表示するためには、"Style" の中にある "Label" の "Map." のところをクリックします。
"Column" の箇所において、今読み込んだ情報が入っている列の名前である "Column 2" を選択することで、ネットワーク上に "Sapporo" などの情報を反映させることができます。
![](https://mi-chan-nel.com/wp-content/uploads/2020/06/8aa90c3f2da07e86c51e63fa53eb5bc3-1024x669.png)